Бачковската чудотворна икона „Св. Богородица – Елеуса“ (Умиление) е най-голямата светиня на манастира. Тя е поставена на специално място в главната манастирска църква, под нежни драперии, изработени от благодарни ръце.
От цялата икона се виждат само топло изписаните ликове на св. Богородица и Младенеца, всичко останало от нея е обковано в две ризници – златна и сребърна, изработени през 1819 г. от пловдивския ювелир Петко Хаджи в знак на благодарност за изцелението на съпругата му.
Според историческите сведения иконата е подарена на Бачковския манастир през 1311 г. от двама грузински пътешественици Атанасий и Окрапир.
Има няколко легенди за появяването на светинята тук, според най-разпространената, тя "прелетяла” от един грузински манастир (заради проявено към нея небрежение) и "кацнала” тук, в местността "Клувията”. При "кацването” лумнал неопалващ огън, само светлината му силно блестяла и правела "нощта – ден”. Двама пастири – брат и сестра, три нощи наред съзерцавали негаснещите пламъци и дошли да видят какъв е този чуден огън. Така чудотворната икона известила за пристигането си. Те съобщили в манастира и братята с лития я пренесли в църквата "Св. Богородица”. Поставили я на иконостаса. За обща изненада сутринта мястото й там се оказало празно. Иконата "избягала” в "Клувията”. Понесли я в манастира, но следващите дни чудното "бягство” се повторило и потретило. По това време един от монасите в Бачковския манастир разказал на изпадналите в недоумение братя, че му се присънила св. Богородица и казала, че ще остане в манастира, ако й отредят специално място вдясно при входа на храма, за да вижда кой с какво сърце влиза в Божия дом, и всяка година на втория ден на Великден да я "отвеждат” до старото й място. Така и направили: поставили я на трон вдясно от главния вход, където е и днес. На втория ден на всеки Великден с лития я отнасят до "Клувията”, отслужва се молебен.
В "Клувията”, на мястото на "кацането”, изпод скалата бликнал извор със сладка, лековита вода, а върху издяланата отвесна скала е копие на иконата. Тясна стълбица води по стръмнината до скалната икона, пред която постоянно гори кандило. Наблизо е издигнат параклис "Св. Архангел” – Ангел се казвал овчарят, който пръв я видял.
Във водите на целебния извор (аязмото) много болни и недъгави са получили изцеление.
Неизброими са случаите, в които чудотворната икона „Св. Богородица – Бачковска“ е помогнала на дошлите с вяра тук и разкрили болките и страданията си пред нея. По всяко време в обителта може да срещнат и хора, на които иконата е помогнала.
Един от тези хора е Иван от Благоевград, който често пропътува дългото разстояние от дома си до манастира, защото тук е намерил лечение за страшна болест. Преди години, на 42-годишният тогава мъж, му открили рак и след операцията докторите не дали гаранция, че ще живее. В отчаянието си, макар и невярващ, той се „хванал за сламка“, славата за чудодейната сила на Бачковската икона, която векове наред се носи сред богомолците, му била известна, макар да не ходел на църква. Дошъл на Възкресение, защото чул, че тогава силата на иконата е най-голяма, и излял със свои думи всичките си страдания пред светинята. Още веднага почувствал подобрение и сякаш се кланял пред самата Св. Богородица. Оттогава Иван е жив и здрав, живее пълноценно и почти не си спомня за страшната болест.
Особено силно благодатното излъчване на иконата е в деня веднага след Великден. Само тогава безценната реликва, грижливо пазена от местното братство, напуска пределите на манастира и вярващите я понасят в литийно шествие, което събира хиляди хора от цяла България. Крайната цел е местността „Клувията“, където според манастирските книги за първи път била открита силата на иконата. Това станало през далечната 1604 година на втория ден от Великден, когато двете овчарчета видели по обяд странна светлина да блика от скалата над планинската поляна. Децата били далече, но лъчите, които излизали от процепа на големия камък, светели силно и привлекли момчетата. Те се покатерили и открили лика на Богородица в една от каменните ниши. Оказало се, че иконата била укрита там от монаси по време на турското робство, за да бъде спасена от многократните опожарявания на манастира. Легендата разказва още, че в паметния ден, когато момчетата я понесли към светата обител, манастирските камбани сами зазвънели. Оттогава започва традицията по пренасянето на иконата с литийно шествие до „Клувията“.